Hmmm... chyba nie rozumiesz jak działa zapis GPS. W momencie włączenia autopauzy masz przerwę w ciągłości rejestracji współrzędnych GPS, zobacz sobie strukturę pliku GPX (można otworzyć w notatniku). To wyłącznie prosty, sekwencyjny zapis współrzędnych, więc nie ma innej opcji przy jednym pliku GPX/FIT i włączonej autopauzie niż łączenie linią prostą lub wycinanie fragmentów, gdzie sąsiadujące odczyty współrzędnych są oddalone w czasie o ustalony interwał. Po prostu nie ma, zresztą nawet nie ma potrzeby, żeby był
Mieszasz rzeczy, algorytmy to jedno, a problem, że skrzyżowaniem i przerwani na wykresie to drugie. To nie wina algorytmu tylko źle skonfigurowanej autopauzy i braku czujnika prędkości na kole. Brak czujnika na kole, zresztą tak samo jak wyższa prędkość autopauzy powoduje, że Garmin zaczyna rejestrować współrzędne kilka-kilkanaście, w skrajnych przypadkach kilkadziesiąt metrów dalej po tym jak faktycznie ruszyłeś, więc wykres na heatmapie jest jak najbardziej OK. Wina leży w konfiguracji garmina. Czujnik na kole, potrafi zmienjszyć ten lag Garmina nawet o kilkadziesiąt procent. U mnie ten problem w ogóle nie występuje a też mam Garmina 530.
Ze skalowaniem tych przerw racja, jak Cię denerwuje to zgłoś błąd do suportu stravy.
Przykład z pociągiem to raczej po prostu powinny być dwie aktywności i po sprawie, myśląc w ten sposób mógłbym cały sezon przejeździć na autopauzie i mieć pretensje, że łączy linią prostą lipcową trasę z Kołobrzegu z wrześniową trasą z Beskidów Wsiadasz do pociągu, nie jedziesz w nim na rowerze, więc z definicji zakończyłeś aktywność.